Jetzt geht es da weiter, wo Serious Sam: Second Encounter aufgehört hatte - Sam düst zum besiegten Planeten Sirius, dem neuen Wohnsitz des Schurken Mental. Unterwegs nimmt der Große Rat der Magier der beinahe vollständig ausgelöschten sirianischen Zivilisation telepathischen Kontakt zu Sam auf, um ihn bei seiner Aufgabe zu unterstützen, Mental zu töten und Sirius zu befreien. Sam erhält den Auftrag, die in der ganzen Galaxie verstreuten Fragmente eines mystischen Medaillons zu finden, das ihm die Kraft geben wird, Mental zu besiegen.